初夏阳光

Shell 笔记

Quick Start of CP2K 本教程基于 HPC of zhenggroup 集群环境 一、CP2K介绍关于CP2K CP2K是一种量子化学和固态物理第一性原理计算软件包，可以执行固态，液态，分子，和生物系统的计算模拟。 CP2K是开源免费程序，使用混合高斯和平面波基组GPW和GAPW的DFT方法比平面波基组计算更快。 CP2K用到好多非常新和前沿的算法OT(Orbital Transformation)，ASPC(Always stable predictor corrector)，ADMM(Auxiliary Density Matrix Methods)，PIMD(pathintegral Molecular Dynamics)，adaptive buffered QM/MM 相关文章 https://www.cp2k.org/science 催化：ACS Catal. 2019, 9 (9), 7876-7887 CP2K的应用和局限应用: DFT,AIMD,(QM/MM),NEB,MD https://www.cp2k.org/featu ...

Bader View of VASP 本教程基于 HPC of zhenggroup 集群环境 Bader 计算过程123LAECHG=.TRUE. LCHARG = .TRUE.NSW = 0 得到CHGCAR文件 计算结果分析数值分析 bader.sh分析CHGCAR文件得到ACF.dat其中 ACF.dat 文件包含：原子坐标和每个原子的价层电子数目，通过对比价电子数和 POTCAR 中的 ZVAL 就能得到每个原子的 bader 电荷 grep ZVAL POTCAR得到元素的价电子(vaspkit手册中，刘锦程提到进行 Bader 电荷分析，可采用带 _pv,_sv 的赝势) 可视化分析 python bader2pqr.py得到bader.pqr,get_lattice.exe得到vmdrc.txt 打开vmd，将bader.pqr拖入窗口，vmdrc.txt的命令行逐行输入到终端，可修改颜色范围 高分辨率设置display-rendermode-GLSLfile-render-tachyon (internal)显示窗口最大化 参考资料 VASP 官网 Lear ...

图片存放 images/004/ Linux 基础 一、Linux 常用命令操作命令 ssh 远程连接 cd 切换目录 ls 查看目录列表 tree 打印目录树 mkdir 创建目录 rm 删除目录 touch 新建文件 cp 复制文件 mv 移动文件 find 搜索文件 grep / sed / awk 文本处理 文件、路径操作12345678910111213141516171819# 获取当前目录current_directory=$(pwd) # Linuxcurrent_directory = os.getcwd() # Python# 创建文件、目录、删除、重命名touch file.txt ; mkdir dirrm file.txt ; rm -r dirmv old_name new_name# 查看文件cat file.txtcat file.txt | grep "keyword"head -n 10 file.txt ; tail -n 10 file.txt# 查找，find+路径+-n ...

Python os 模块 一、os模块os 模块提供了非常丰富的方法用来处理文件和目录。 1import os shell12# 在操作系统命令行中运行一个shell命令os.system(command) 操作工作目录12345# 返回当前工作目录的路径os.getcwd()# 改变当前工作目录os.chdir(path) 得到环境变量1os.environ 列出子目录12345678910# 返回指定目录下的所有文件和子目录的名称列表os.listdir(path)# 生成子目录列表sub_contents = [content.name for content in os.scandir(root_dir) if content.is_dir()]sub_contents = [item for item in os.listdir(root_dir) if os.path.isdir(os.path.join(root_dir, item))]# 生成子文件列表sub_files = [file.name for file in os.scandir(root_dir) if ...

Python 常用命令（一） 一、内置函数字符串相关（数） 需求 输入 输出 计算字符串长度 len(“Hello, Python!”) 14 str1 = ‘aaBBccEEff’ 统计字符串中指定字符出现的次数（指定范围） str1.count(“a”, 0, 3) 2 查找字符串中指定的字符第一次出现的索引（指定范围），不会触发异常（返回-1） str1.find(“d”, 3) -1 查找~，会触发异常 str1.index(“c”, 3) 4 二进制 → 十进制 int(‘101010’,2) 42 八进制 → 十进制 int(‘367’,8) 247 十六进制 → 十进制 int(‘FFF’,16) 4095 字符串相关（字符型） 需求 输入 输出 str1 = ‘aaBBccEEff’ 全部转换为小写字符 str1.lower() ‘aabbcceeff’ 全部转换为大写字符 str1.upper() ‘AABBCCEEFF’ 将字符串中的字符替换为指定的字符 str1.replace(“a”, ...

Notes of gaussian本教程基于 HPC of zhenggroup 集群环境 参考资料 http://sobereva.com/list.html 零、理论基础泛函/基组设置简谈量子化学计算中DFT泛函的选择谈谈量子化学中基组的选择 激发态乱谈激发态的计算方法Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算 一、输入文件input.gjf12345678910111213%mem=84GB%nprocshared=48%chk=COF-3-td.chk#p PBE1PBE scrf=(smd,solvent=water) def2TZVP em=GD3BJ TD(nstates=10) IOp(9/40=4)COF-30 1 C 33.03196170 -14.12931527 1.88576471 H 31.92769914 -14.10953751 2.72772983 O 30.78605907 ...

Quick Start of VASP 本教程基于 HPC of zhenggroup 集群环境 一、VASP简介关于 VASPhttps://www.vasp.at/info/about/The Vienna Ab initio Simulation Package (VASP) is a computer program for atomic scale materials modelling, e.g. electronic structure calculations and quantum-mechanical molecular dynamics, from first principles. VASP是用于原子尺度材料模拟的计算程序，基于第一性原理 计算电子结构性质 计算量子力学分子动力学 VASP computes an approximate solution to the many-body Schrödinger equation, either within density functional theory (DFT), solving the Kohn- ...