Quick Start of CP2K
Quick Start of CP2K
本教程基于 HPC of zhenggroup 集群环境
一、CP2K介绍关于CP2K
CP2K是一种量子化学和固态物理第一性原理计算软件包,可以执行固态,液态,分子,和生物系统的计算模拟。
CP2K是开源免费程序,使用混合高斯和平面波基组GPW和GAPW的DFT方法比平面波基组计算更快。
CP2K用到好多非常新和前沿的算法OT(Orbital Transformation),ASPC(Always stable predictor corrector),ADMM(Auxiliary Density Matrix Methods),PIMD(pathintegral Molecular Dynamics),adaptive buffered QM/MM
相关文章 https://www.cp2k.org/science
催化:ACS Catal. 2019, 9 (9), 7876-7887
CP2K的应用和局限应用: DFT,AIMD,(QM/MM),NEB,MD https://www.cp2k.org/featu ...
Bader View of VASP
Bader View of VASP
本教程基于 HPC of zhenggroup 集群环境
Bader 计算过程123LAECHG=.TRUE. LCHARG = .TRUE.NSW = 0
得到CHGCAR文件
计算结果分析数值分析
bader.sh分析CHGCAR文件得到ACF.dat其中 ACF.dat 文件包含:原子坐标和每个原子的价层电子数目,通过对比价电子数和 POTCAR 中的 ZVAL 就能得到每个原子的 bader 电荷
grep ZVAL POTCAR得到元素的价电子(vaspkit手册中,刘锦程提到进行 Bader 电荷分析,可采用带 _pv,_sv 的赝势)
可视化分析
python bader2pqr.py得到bader.pqr,get_lattice.exe得到vmdrc.txt
打开vmd,将bader.pqr拖入窗口,vmdrc.txt的命令行逐行输入到终端,可修改颜色范围
高分辨率设置display-rendermode-GLSLfile-render-tachyon (internal)显示窗口最大化
参考资料
VASP 官网
Lear ...
Single-point-energy-of-VASP
Single point energy of VASPbader/LELF
1234LAECHG = TLCHARG = TLELF = TNSW = 1
bader.shget_bader.py
pdos
1234LWAVE = TLORBIT = 11NSW = 1ISMEAR = -5
get_pdos_selected_atoms_and_orbitals.sh O 2pK点放大到2倍
Notes of Linux
图片存放 images/004/
Linux 基础
一、Linux 常用命令操作命令
ssh 远程连接
cd 切换目录
ls 查看目录列表
tree 打印目录树
mkdir 创建目录
rm 删除目录
touch 新建文件
cp 复制文件
mv 移动文件
find 搜索文件
grep / sed / awk 文本处理
文件、路径操作12345678910111213141516171819# 获取当前目录current_directory=$(pwd) # Linuxcurrent_directory = os.getcwd() # Python# 创建文件、目录、删除、重命名touch file.txt ; mkdir dirrm file.txt ; rm -r dirmv old_name new_name# 查看文件cat file.txtcat file.txt | grep "keyword"head -n 10 file.txt ; tail -n 10 file.txt# 查找,find+路径+-n ...
OS Module of Python
Python os 模块
一、os模块os 模块提供了非常丰富的方法用来处理文件和目录。
1import os
shell12# 在操作系统命令行中运行一个shell命令os.system(command)
操作工作目录12345# 返回当前工作目录的路径os.getcwd()# 改变当前工作目录os.chdir(path)
得到环境变量1os.environ
列出子目录12345678910# 返回指定目录下的所有文件和子目录的名称列表os.listdir(path)# 生成子目录列表sub_contents = [content.name for content in os.scandir(root_dir) if content.is_dir()]sub_contents = [item for item in os.listdir(root_dir) if os.path.isdir(os.path.join(root_dir, item))]# 生成子文件列表sub_files = [file.name for file in os.scandir(root_dir) if ...
Notes of Python
Python 常用命令(一)
一、内置函数字符串相关(数)
需求
输入
输出
计算字符串长度
len(“Hello, Python!”)
14
str1 = ‘aaBBccEEff’ 统计字符串中指定字符出现的次数(指定范围)
str1.count(“a”, 0, 3)
2
查找字符串中指定的字符第一次出现的索引(指定范围),不会触发异常(返回-1)
str1.find(“d”, 3)
-1
查找~,会触发异常
str1.index(“c”, 3)
4
二进制 → 十进制
int(‘101010’,2)
42
八进制 → 十进制
int(‘367’,8)
247
十六进制 → 十进制
int(‘FFF’,16)
4095
字符串相关(字符型)
需求
输入
输出
str1 = ‘aaBBccEEff’ 全部转换为小写字符
str1.lower()
‘aabbcceeff’
全部转换为大写字符
str1.upper()
‘AABBCCEEFF’
将字符串中的字符替换为指定的字符
str1.replace(“a”, ...
Quick Start of Gaussian
Notes of gaussian本教程基于 HPC of zhenggroup 集群环境
参考资料 http://sobereva.com/list.html
零、理论基础泛函/基组设置简谈量子化学计算中DFT泛函的选择谈谈量子化学中基组的选择
激发态乱谈激发态的计算方法Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算
一、输入文件input.gjf12345678910111213%mem=84GB%nprocshared=48%chk=COF-3-td.chk#p PBE1PBE scrf=(smd,solvent=water) def2TZVP em=GD3BJ TD(nstates=10) IOp(9/40=4)COF-30 1 C 33.03196170 -14.12931527 1.88576471 H 31.92769914 -14.10953751 2.72772983 O 30.78605907 ...
ESP of Gaussian
图片存放 images/002/
Multiwfn 12 0
启动VMD,然后把furan.pdb、surfanalysis.pdb和vtx.pdb按顺序依次拖动到VMD主窗口里
Display-Depth Cueing 去掉,防止模糊
进入Graphics-Colors,选Display-Background-White将背景改为白色,并且在此界面的Color-Scale标签页里选择BWR,使分子表面的色彩根据数值范围由小到大以 蓝-白-红 的方式变化。选Display-Axes-Off不让坐标轴显示出来。
在Graphics-Representations-Selected Molecule一栏里选择furan.pdb,Drawing Method选Licorice,Bond Radius减小到0.1。
(2)在Selected Molecule一栏里选择vtx.pdb,Drawing Method选Points,Size设为25(设多大合决于视角的远近,在当前视角下应当让size恰好足够大,使分子表面上的顶点紧密相连,不留明显空隙),Coloring Met ...
Quick Start of VASP
Quick Start of VASP
本教程基于 HPC of zhenggroup 集群环境
一、VASP简介关于 VASPhttps://www.vasp.at/info/about/The Vienna Ab initio Simulation Package (VASP) is a computer program for atomic scale materials modelling, e.g. electronic structure calculations and quantum-mechanical molecular dynamics, from first principles.
VASP是用于原子尺度材料模拟的计算程序,基于第一性原理
计算电子结构性质
计算量子力学分子动力学
VASP computes an approximate solution to the many-body Schrödinger equation, either within density functional theory (DFT), solving the Kohn- ...
Hello World
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