图片存放 images/002/

  1. Multiwfn 12 0
    文件导出
  2. 启动VMD，然后把furan.pdb、surfanalysis.pdb和vtx.pdb按顺序依次拖动到VMD主窗口里
  3. Display-Depth Cueing 去掉，防止模糊
  4. 进入Graphics-Colors，选Display-Background-White将背景改为白色，并且在此界面的Color-Scale标签页里选择BWR，使分子表面的色彩根据数值范围由小到大以 蓝-白-红 的方式变化。选Display-Axes-Off不让坐标轴显示出来。
  5. 在Graphics-Representations-Selected Molecule一栏里选择furan.pdb，Drawing Method选Licorice，Bond Radius减小到0.1。
  6. (2)在Selected Molecule一栏里选择vtx.pdb，Drawing Method选Points，Size设为25（设多大合决于视角的远近，在当前视角下应当让size恰好足够大，使分子表面上的顶点紧密相连，不留明显空隙），Coloring Method选Beta（根据pdb文件里B因子那一列的数据，此例即静电势数值进行填色），在Trajectory标签页里将Color Scale Data Range填上-22和22并点击Set，代表色彩刻度设为-22~20kcal/mol（其实此例用默认的色彩刻度范围就可以，这里只是为了取个整）。现在分子表面填色图就出现了。越蓝的区域静电势越负，越红的区域越正，白色区域的静电势数值在0附近。
  7. 之后给图上加上色彩刻度轴。选Extensions-Visualization-Color Scale Bar，Color bar width设为0.08，Display title选on并且将Color bar title里写上ESP (kcal/mol)，Minimum和Maximum scale value分别填-22和22，Number of axis labels输入10，Color labels选Black，Label format选Decimal。然后点Draw Color Scale Bar按钮，色彩刻度就出现在画面中了，并且VMD Main窗口中多出了一个名为Color Scale Bar的一项。然后调整它的大小和位置，即双击VMD Main窗口中Color Scale Bar那一项当中的F标签使之变为红色（即不让色彩刻度轴在画面中的位置冻结），而双击其它项目的F标签使它们的F变为黑色（让它们的位置冻结住）。然后点击VMD的OpenGL图形窗口激活之，按t键进入平移模式，然后拖动鼠标将色彩刻度轴放置到合适位置，并且用鼠标滚轮调整它的大小。调合适之后再按r键恢复旋转视角模式，并且在VMD Main里将Color Scale Bar那一项的F重新双击成黑色，而其它三项的F重新双击为红色。