Bader View of VASP

本教程基于 HPC of zhenggroup 集群环境

Bader 计算过程

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LAECHG=.TRUE. 
LCHARG = .TRUE.
NSW = 0

得到CHGCAR文件

计算结果分析

数值分析

  1. bader.sh分析CHGCAR文件得到ACF.dat
    其中 ACF.dat 文件包含：原子坐标和每个原子的价层电子数目，通过对比价电子数和 POTCAR 中的 ZVAL 就能得到每个原子的 bader 电荷
  2. grep ZVAL POTCAR得到元素的价电子(vaspkit手册中，刘锦程提到进行 Bader 电荷分析，可采用带 _pv,_sv 的赝势)

可视化分析

  1. python bader2pqr.py得到bader.pqr,get_lattice.exe得到vmdrc.txt

  2. 打开vmd，将bader.pqr拖入窗口，vmdrc.txt的命令行逐行输入到终端，可修改颜色范围
    vmd使用

  3. 高分辨率设置
    display-rendermode-GLSL
    file-render-tachyon (internal)
    显示窗口最大化

参考资料

  1. VASP 官网
  2. Learn VASP The Hard Way