图片存放 ./images/

plaintext
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0. 复制文本和原图片路径至此;
1. public中新建images文件夹00X;
2. 复制文章所有图片至00X;
3. 全文 ./images/ 替换为 images/00X/;
4. 修改title, categories, tags, cover;
5. 替换结束后删掉此内容

Alt text

一、服务器使用

xhell 7 和 xfrp 7

账号注册

  1. 生成密钥(私钥+公钥)
    https://blog.csdn.net/l8947943/article/details/111463910
  2. 公钥发给管理员,管理员开通账号

二、登录

主机名 10.158.198.162
端口 2205
输入用户名,使用密钥登录

三、基本配置

linux 命令
cd 进入目录; cd .. 返回上级目录
ls 查看文件
mkdir 新建目录
mv 移动 ;重命名
cp 复制
sz 下载
  1. tab 自动补全
sh
1
2
# 初始化配置环境,只输入一次
/public/scripts/path_init.sh
  1. vim 编辑器使用
sh
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3
编辑模式:在vim编辑器下敲击a, 光标所在位置编辑文字。
删除行:d输入两次。
退出:先按Esc,然后输入':',输入'wq'保存退出。(q!是强制退出)

四、简单计算

INCAR,POSCAR,POTCAR,KPINTS

  1. INCAR,文件准备(文献获得)

  2. POSCAR,MSvesta,先保存成cif文件,再在vesta中保存成 .vasp文件

  3. POTCAR,pos2pot

  4. KPOINTS,kpoints.sh x x x(POSCAR的 20-30 )

检查文件输入

sh
1
checkinput.sh

提交

plaintext
1
qsub 48kgz.pbs

qstat 查看任务提交情况

1. 结构优化

plaintext
1
checkinput.sh

自洽计算(电子计算)+ 离子计算(力收敛)

提交任务

查看计算情况

plaintext
1
ta.sh

查看已经计算完成的任务

plaintext
1
cat ~/mail

CONTCAR 为已经计算完成的结构

2. 频率计算

plaintext
1
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5

IBRION = 5 # 频率计算
NFREE = 2 # 自由度
POTIM = 0.015 # 频率计算模式
EDIFF = 1E-6 # 防止虚频```

3. bader 电荷

sh
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8
9
# 参数修改
LAECHG = T
LCHARG = T
LELF = T
NSW = 1

# 分析结果
/public/scripts/bader.sh
/public/scripts/get_bader.py

4. PDOS

sh
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11
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13
# 参数修改
LWAVE = T
LORBIT = 11
NSW = 1
ISMEAR = -5

/public/software/vaspkit.1.4.1/bin/vaspkit
输入115
输入目标元素 回车
输入目标轨道 回车
得到PDOS_USER.dat

get_pdosxx.py 目标元素 目标轨道