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零、DFT计算流程

建模

建模方式：b 站啦啦黑还黑
软件：Materials Studio, [VESTA](Download - VESTA (jp-minerals.org)), ASE

参数设置

（VASP,CP2K）
文献SI查询

结果分析

能量计算：

1. 自由能
   $$G = E_{DFT} + E_{ZPE} – T*S$$
2. 吸附能
   $$E_{ads} = E_{DFT} - E_{slab} – E_{molecule}$$
   电子结构分析：Bader charge，d/p带中心，pdos分析，COHP分析等

一、服务器使用

服务器介绍

计算平台：HPC of zheng
操作系统：CentOS Linux 7
远程连接：ssh，密钥连接
win：xhell个人版 和 xftp xshell下载
mac：vscode，finalshell

登录及基本命令

1. 生成密钥（私钥+公钥）
   https://blog.csdn.net/l8947943/article/details/111463910
2. 公钥发给网站管理员，管理员开通账号后可以用私钥登录

主机名 10.158.198.162
端口 2205
输入用户名，导入密钥登录

linux基本命令

linux 系统中使用命令可以便捷地操作文件

linux 命令
cd	进入目录；cd .. 返回上级目录
ls	查看文件
mkdir	新建目录：mkdir test 创建test目录
mv	移动；重命名：mv A ../B 将当前目录的A移动到上级目录，重命名为B
cp	复制：cp A B
sz	下载

1. tab 自动补全

# 初始化配置环境，只输入一次
/public/scripts/path_init.sh

2. vim 编辑器使用

编辑模式：在vim编辑器下敲击a, 光标所在位置编辑文字。
删除行：d输入两次。
退出：先按Esc，然后输入':',输入'wq'保存退出。(q!是强制退出)

二、开始计算

VASP: INCAR,POSCAR,POTCAR,KPINTS

1. INCAR：计算参数；文件准备(经验、文献获得)
2. POSCAR：结构信息；MS、VESTA，先保存成cif文件，再在VESTA中保存成 .vasp文件
3. POTCAR：赝势信息；pos2pot脚本
4. KPOINTS：网格信息：kpoints.sh x x x（POSCAR的 20-30 )

1. 结构优化常用命令

checkinput.sh                # 检查文件输入
qsub 48kgz.pbs               # 提交任务
qstat                        # 查看任务提交情况
ta.sh                        # 查看计算情况，收敛后读取能量
cat ~/mail                   # 查看已经计算完成的任务

2. 频率计算

以结构优化的结果CONTCAR作为初始结构，并且将除吸附分子外的所有原子固定

# INCAR 中参数修改
IBRION = 5                   # 频率计算
NFREE = 2                    # 自由度(XYZ每个方向的正和负)
POTIM = 0.015                # 频率计算模式
EDIFF = 1E-6                 # 防止虚频
NCORE = 1                    # 软件兼容

3. 巴德电荷

以结构优化的结果CONTCAR作为初始结构

# INCAR 中参数修改
LAECHG = T                   # 输出全电子电荷密度
LCHARG = T                   # 输出CHGCAR
LELF = T                     # 非必须，输出电子局域函数
NSW = 1                      # 单点计算
# 分析结果
bader.sh                     # 得到bader电荷的原始数据
get_bader.py                 # 数据后处理，得到每个原子对应的电子转移数据

4. PDOS

以结构优化的结果CONTCAR作为初始结构，并且将K点扩大到两倍，如果有真空层，Z方向不变

# INCAR 中参数修改
LWAVE = T
LORBIT = 11
NSW = 1
ISMEAR = -5
# 分析结果
/public/software/vaspkit.1.4.1/bin/vaspkit	
输入115
输入目标元素 回车
输入目标轨道 回车
得到PDOS_USER.dat原始数据